Frukt, grønnsaker, pulser, nøtter og fullkorn gir sunne bakterier mat. Unngå høyt bearbeidede matvarer. De inneholder ofte ingredienser som enten undertrykker 'gode' bakterier eller øker 'dårlige' bakterier. Probiotiske matvarer, som levende yoghurt, kan oppmuntre flere mikrober til å vokse.